《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）以及《國家稅務總局關于印發〈土地增值稅清算管理規程〉的通知》（國稅發〔2009〕91號）規定，納稅人有下列情形之一的，應進行土地增值稅的清算：1
《國家(jia)稅(shui)(shui)務總局關于房(fang)地(di)(di)產(chan)(chan)(chan)開(kai)發(fa)(fa)企業土(tu)(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)稅(shui)(shui)清(qing)算(suan)管(guan)理有(you)關問題的(de)(de)(de)(de)通知》（國稅(shui)(shui)發(fa)(fa)〔2006〕187號）以(yi)及《國家(jia)稅(shui)(shui)務總局關于印發(fa)(fa)〈土(tu)(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)稅(shui)(shui)清(qing)算(suan)管(guan)理規(gui)(gui)程(cheng)〉的(de)(de)(de)(de)通知》（國稅(shui)(shui)發(fa)(fa)〔2009〕91號）規(gui)(gui)定(ding)，納(na)稅(shui)(shui)人(ren)(ren)有(you)下列(lie)情(qing)形(xing)之一的(de)(de)(de)(de)，應進(jin)行土(tu)(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)稅(shui)(shui)的(de)(de)(de)(de)清(qing)算(suan)：1.房(fang)地(di)(di)產(chan)(chan)(chan)開(kai)發(fa)(fa)項目全(quan)部(bu)竣工(gong)(gong)、完(wan)成銷售(shou)(shou)的(de)(de)(de)(de)；2.整(zheng)體轉讓未竣工(gong)(gong)決算(suan)房(fang)地(di)(di)產(chan)(chan)(chan)開(kai)發(fa)(fa)項目的(de)(de)(de)(de)；3.直接轉讓土(tu)(tu)地(di)(di)使用權的(de)(de)(de)(de)。納(na)稅(shui)(shui)人(ren)(ren)符合下列(lie)情(qing)形(xing)之一的(de)(de)(de)(de)，主管(guan)稅(shui)(shui)務機關可要求納(na)稅(shui)(shui)人(ren)(ren)進(jin)行土(tu)(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)稅(shui)(shui)清(qing)算(suan)：1.已竣工(gong)(gong)驗收的(de)(de)(de)(de)房(fang)地(di)(di)產(chan)(chan)(chan)開(kai)發(fa)(fa)項目，已轉讓的(de)(de)(de)(de)房(fang)地(di)(di)產(chan)(chan)(chan)建筑(zhu)面積(ji)占整(zheng)個項目可售(shou)(shou)建筑(zhu)面積(ji)的(de)(de)(de)(de)比例在85%以(yi)上，或(huo)該比例雖未超過85%，但剩(sheng)余的(de)(de)(de)(de)可售(shou)(shou)建筑(zhu)面積(ji)已經出租或(huo)自用的(de)(de)(de)(de)；2.取得銷售(shou)(shou)（預售(shou)(shou)）許可證滿3年仍未銷售(shou)(shou)完(wan)畢(bi)的(de)(de)(de)(de)；3.納(na)稅(shui)(shui)人(ren)(ren)申(shen)請注銷稅(shui)(shui)務登記但未辦理土(tu)(tu)地(di)(di)增(zeng)值(zhi)稅(shui)(shui)清(qing)算(suan)手續的(de)(de)(de)(de)；4.省稅(shui)(shui)務機關規(gui)(gui)定(ding)的(de)(de)(de)(de)其他情(qing)況。
納稅人具備以上條件，無論是主動清算還是被動清算，都要面臨如何確定收入的問題。《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）對這一問題，區分不同情形進行了明確。
1.開發項目銷售完畢且已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入。
開發產品銷售收入，若會計處理均通過“預收賬款”科目核算，則“預收賬款”各年度該項目累計發生額即為收入總額。此種情況下，商品房確權面積及結算價款已經確認，結算發票應全部開具，依據發票所載金額，確認土地增值稅收入是成立的。但要注意復核編制的項目簽約銷售清單、確認面積結算單、銷售發票或銷售收據是否一致，勾稽關系是否成立。
此外，未在“預收賬款”科目核算的價外收費，也應計入收入總額。對于開發商在項目開發過程中的代收費用，《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅〔1995〕48號）規定，對于縣級及縣級以上人民政府要求房地產開發企業在售房時代收的各項費用，如果代收費用是計入房價中向購買方一并收取的，可作為轉讓房地產所取得的收入計稅；如果代收費用未計入房價中，而是在房價之外單獨收取的，可以不作為轉讓房地產的收入。對于代收費用作為轉讓收入計稅的，在計算扣除項目金額時，可予以扣除，但不允許作為加計20%扣除的基數；對于代收費用未作為轉讓房地產的收入計稅的，在計算增值額時，不允許扣除代收費用。因此，若房地產開發企業不是按照縣級以上人民政府的規定要求代收的費用，則要作為開發產品的收入征稅。財務處理記入“其他應付款”科目核算，可能導致銷售合同清單、銷售發票清單與會計科目“預收賬款”收入總額不一致。因此，土地增值稅清算時，對于銷售收入要分析確認。
國稅發〔2006〕187號文件規定，土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。因此，銷售收入總額要首先分期確定，然后分類確定。
2.未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。
并非開發商收款都會開具發票，發票所載金額不一定能如實反映開發產品銷售總額，特別是開發產品已售未收款在財務賬目也沒有反映的情況下，比如關系客戶定房后，只交納定金，清算時只能依據交易雙方簽訂的銷售合同所載金額來確認收入。但在這種方式下，全部銷售合同應悉數備案，無論納稅人還是主管稅務機關，要逐一復核開發項目的開發樓棟、開發套數、規劃面積、預售面積、確權面積等基本數據，確保勾稽無誤。
開發項目開始清算，按照開發商編制的項目銷售合同簽約明細表確認收入，若沒有考慮已經按照實際確權面積進行結算的補、退房款差異，仍會存在誤差。
商品房銷售管理辦法規定，商品房銷售可以按套（單元）計價，也可以按套內建筑面積或者建筑面積計價。按套（單元）計價的房屋，誤差范圍在合同約定的范圍之內，一般不會產生補、退房款。按套內建筑面積或者建筑面積計價的，當事人應當在合同中載明合同約定面積與產權登記面積發生誤差的處理方式。合同未作約定的，按以下原則處理：（1）面積誤差比*值在3%以內（含3%）的，據實結算房價款；（2）面積誤差比*值超出3%時，買受人有權退房。買受人退房的，房地產開發企業應當在買受人提出退房之日起30日內將買受人已付房價款退還給買受人，同時支付已付房價款利息。買受人不退房的，產權登記面積大于合同約定面積時，面積誤差比在3%以內（含3%）部分的房價款由買受人補足；超出3%部分的房價款由房地產開發企業承擔，產權歸買受人。產權登記面積小于合同約定面積時，面積誤差比*值在3%以內（含3%）部分的房價款由房地產開發企業返還買受人；*值超出3%部分的房價款由房地產開發企業雙倍返還買受人。
當面積誤差比*值超過3%時，房地產企業有可能支付客戶退房的房價款利息以及承擔超出3%部分的房價款，還有可能雙倍返還客戶*值超出3%部分的房價款。
支付給客戶退房款以及雙倍返還客戶*值超出3%部分的房價款時，房地產企業可以沖減其銷售收入。會計處理為：借記“預收賬款（或主營業務收入）”，貸記“銀行存款”。若支付利息，借記“財務費用”，貸記“銀行存款”。
實務中，確權面積結算差異是客觀存在的，補、退房款是正常的，不過一般都能控制在3%以內。但納稅人要將結算資料保存完整，以備核查。
3.未簽訂銷售合同的情形也要清算收入。
國稅函〔2010〕220號文件沒有明確未開具發票或未全額開具發票或未簽訂銷售合同如何確認收入的情形。例如，房地產開發企業將開發產品用于職工福利、獎勵、對外投資、分配給股東或投資人、抵償債務、換取其他單位和個人的非貨幣性資產等已經交付使用的特殊情形，清算時則可依據國稅發〔2006〕187號文件第三條第一款規定，確認土地增值稅清算收入，即按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定，或由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。對實際未投入使用的房屋，應待實際投入使用時，再按上述辦法確認收入
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